La séquence complète du génome du pommier (variété Golden delicious) a été réalisée par un consortium international regroupant 18 instituts de recherche et de sociétés privées. Elle a été publiée le 29 août 2010 dans la revue Nature Genetics. Ce séquençage du génome du pommier doit permettre une accélération des recherches génétiques afin de conduire une sélection plus efficace de nouvelles variétés moins sensibles aux bioagresseurs ou mieux adaptées au changement climatique.
Un consortium international conduit par un groupe italien décode le génome du pommier (Malus x domestica Borkh.)
La séquence complète du génome du pommier (variété ‘Golden Delicious’) vient d’être publiée dans la revue Nature Genetics – en ligne le 29 août 2010 – par un consortium international mené par des chercheurs de la Fondation E. Mach, Trento (Italie). Ce travail est le résultat d’une collaboration entre 18 instituts de recherche et sociétés privées, signée par 85 chercheurs italiens, américains, néo-zélandais, français et belges. Le nombre de chromosomes généralement observés à l’état haploïde chez les Rosacées est de 7, 8 ou 9; les Pyrées font exception avec un nombre haploïde de 17.
Les résultats essentiels :
- le pommier est domestiqué depuis 3 à 4000 ans à partir d’une espèce sauvage, Malus sieversii, encore bien présente dans les forêts natives du Kazakhstan et de Chine occidentale.
- le génome du pommier trouve son origine dans une duplication chromosomique globale il y a environ 50 millions d’années, passant d’un ancêtre à 9 chromosomes (de type Gillenia, présent en Amérique du Nord) pour atteindre le nombre de 17 chromosomes après plusieurs réarrangements inter-chromosomiques.
- des traces d’une polyploïdisation plus ancienne confortent l’existence d’un génome ancestral des eudicotylédones – de structure hexaploïde.
- 13 milliards de données nucléotidiques ont été analysées au cours des années 2007 et 2008 ; 82% du génome a été reconstitué et plus de 90% des gènes ont été positionnés sur les chromosomes.
- la taille estimée du génome est de 742,3 Million de pair de bases ; le nombre de gènes prédits est de 57 386, ce qui représente le nombre le plus élevé publié chez les plantes jusqu’à présent.
- Parmi ces gènes, 992 gènes responsables de la résistance aux bio-agresseurs, ont été identifiés.
La contribution des chercheurs de l’INRA Angers-Nantes a porté sur la cartographie génétique de 2 descendances ayant permis l’ancrage des séquences, et sur la mise à disposition d’un génotype haploïde doublé dérivé de la variété ‘Golden Delicious’.
Le séquençage du génome du pommier doit permettre une accélération sans précédent des recherches génétiques menées sur cette espèce dans l’optique de mieux répondre aux défis que sont la réduction des pesticides et les changements climatiques à travers une sélection plus efficace de nouvelles variétés, en particulier moins sensibles aux bioagresseurs.
C'est la première fois qu'est publiée et analysée en détail la séquence complète du génome d’une espèce de la famille des Rosacées, qui comprend de très nombreuses espèces économiquement importantes : poires, pêches, prunes, cerises, abricots, fraises, framboises, roses … La séquence du pommier bénéficiera à l'amélioration génétique de ces autres espèces.
Références :
- The genome of the domesticated apple (Malus × domestica Borkh.), Nature Genetics, publié en ligne le 29 août 2010. doi :10.1038/ng.654
- http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/abs/ng.654.html Yves Lespinasse, Pauline Lasserre, Charles-Eric Durel
Contact scientifique :
Charles-Eric Durel, UMR 1259 Génétique et Horticulture (GenHort), département Génétique et Amélioration des Plantes, Centre Angers – Nantes
